Al principio fueron los animales que pueblan los mares, ríos, lagos o el suelo, los que atrajeron la atención de los investigadores; no sería hasta mucho tiempo más tarde cuando los naturalistas se empezarían a sentir interesados por el estudio de la vida en el medio subterráneo.Sin embargo la visita de las grutas ha sido siempre un viejo hábito humano pues ya los Australopitecos y los Sinantropos buscaban refugio en las cavernas; más tarde el hombre de Neanderthal y en general el hombre primitivo harían de las cavidades su hábitat habitual. En la época del Magdaleniense este hombre, convertido en un increíble artista, supo reproducir pintando o dibujando sobre las paredes y techos de las grutas donde vivían, los animales que cazaban para su sustento. Uno de estos primitivos dibujó un insecto grabándolo sobre un fragmento de hueso que fué encontrado en la caverna de los Tres Hermanos en Montesquieu, Francia. Lucien Chopard, eminente investigador de la entomofauna, lo atribuyó al género Troglophilus.
Hay que dar un salto hasta principios de la Edad Moderna. Los habitantes de la región de Carniola y Dalmacia en la antigua Yugoeslavia, habían venido observando desde tiempos muy remotos un animal que ellos identificaban con un pequeño dragón que se refugiaba en la grutas de estas zonas: el Proteo, también conocido por su nombre vernáculo Olm. Johann Weichard Valvasor lo da a conocer para la ciencia en 1689 en una obra que dedica a su país; en ella habla de "un dragón" que vivía en una fuente cercana a Laibach. Ochenta años más tarde, en 1768, sería descrito por Laurenti con el nombre latino "Proteus anginus".
Tenemos ahora que hablar de un insigne explorador y científico alemán: Alexander von Humboldt. En el año 1799 se encuentra en la América española, concretamente en Venezuela; ese año visita en compañía del célebre botánico francés Bonpland la gruta que se conocía con el nombre de Cueva del Guácharo, en el valle de Caripe. Humboldt en su obra nos va a describir un pájaro de costumbres cavernícolas, que es conocido desde hace ya mucho tiempo por los naturales del país y al que llaman Guácharo, pero que es absolutamente desconocido para la ciencia. Recibiría el nombre científico de "Steatornis caripensis".
Llegados a esta fecha, no podemos aún hablar de Bioespeleología propiamente dicha, sino simplemente de Historia Natural. Los estudios sobre Zoología en cavidades prácticamente no existen; sobre Botánica aún menos, aunque será en el año 1772 cuando Johannes Antonius Scopoli publique el primer tratado de Botánica Subterránea: "Plantae subterraneae descriptae et delineate".
A partir de aquí tenemos que dar un gran salto hasta casi mediados el siglo XIX, pues va a ser precisamente en este siglo cuando la Bioespeleología empiece a tener una entidad propia.
En el año 1831 el conde y aventurero Franz von Hohenwart recolecta en la gran caverna de Adelsberg el primer coleóptero cavernícola, el cual sería descrito al año siguiente por Ferdinand Schmidt con el nombre de "Leptodirus hohenwarti". Morfológicamente destacaba por su gran fisiogastria y la gracilidad de sus apéndices.
En el año 1845, el zoólogo danés J.C. Schiodte visita las grutas de Carniola donde recolecta una fauna verdaderamente muy variada; insectos, anfípodos, arácnidos, crustáceos, etc. Cuatro años más tarde publicará la que se puede considerar primera obra de Bioesopeleología: "Especímenes de la Fauna Subterránea". Esta obra fundamental va a señalar el principio de la Bioespeleología.
Este mismo año de 1845, el científico austríaco Adolf Schmidt va a iniciar una exploración sistemática de las cavidades de la zona de Adelsberg; en 1854 oublicará una importante monografía considerada en seguida clásica. En ella da a conocer un estudio de la fauna cavernícola y ofrece una pequeña contribución botánica.
Y llegamos a 1907, un año crucial para el desarrollo de la Bioespeleología: el nacimiento de una asociación que recibirá el nombre de "Bioespeologica"; su nacimiento se va a deber fundamentalmente a uno de los científicos que más han hecho por el desarrollo de la Bioespeleología: el rumano Racovitza. Este zoólogo se rodeó de un equipo formado por naturalistas como el entomólogo francés René Jeannel. Los propósitos de esta fundación van a ser tres: 1) exploración sistemática de las grutas y búsqueda de fauna y biotopos subterráneos, 2) estudio y clasificación por especialistas del material recolectado y 3) Publicación de los resultado obtenidos en esos estudios.
Finalmente en 1920 se fundará, también por Racovitza, el Instituto de Espeleología de Cluj.
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